从古细菌到真核海洋生物，氨基盐酸结构设计上却是可以平衡海洋生物体细胞或许会微海洋生物学社交活动的各个特别。20世纪初，通过物理水解比对氨基盐酸的构成，注意到了阴阳离子氨基盐酸结构设计上的最早证据。这些注意到挑战了独创的十分一定。20世纪后半叶，基于核磁共振的氨基盐酸四组学的消失和非常高约时间内被采用，使得目前为止的氨基盐酸结构设计上的使用量消失了爆炸特质的增高约，整体已量立体化出500多个取值结构设计上。从前，统计学至少据海洋生物学、机器学习和人工智能至少据电子技术的另行量立体化整体功能有望让比对职员在注意到另行的氨基盐酸结构设计上和未有确定其机能特别取得重大的发展。
翻译后结构设计上(PTM)是氨基盐酸一级结构设计的阴阳离子物理结构设计上。这些结构设计上最经常时有发生在氨基盐酸的外侧双链或N末下端，从而转变其整体物理构成。氨基盐酸结构设计上造成了的物理构成多样特质素质远远极低实际上用作规范所能降至的素质（绘出1）。PTMs也是不可逆的，这使氨基盐酸物理和机能的生活空间和等待时间控制带入或许。
氨基盐酸结构设计上对氨基盐酸机能转立体化成了为广泛且深远的不良影响。一些结构设计上具备相对着重、相对特异特质或高效特质，而其他结构设计上的生理重排恶果唯不确实或不太可能才被注意到。事实上，随着另行的氨基盐酸结构设计上被注意到，氨基盐酸结构设计上的使用量在此期间减低。愈发多的氨基盐酸结构设计上使这种平衡管理系统愈发十分复杂。在这篇近期中所，所写首先详述了极其重要PTM的历史注意到；接下来，所写用作统计学至少据海洋生物学中所的整体功能来有管理系统量立体化阴阳离子氨基盐酸结构设计上的前世今世；最后，所写展望未有来并风险评估另行的统计学至少据海洋生物学和机器学习(ML)整体功能将在该至少据电子技术发挥作用的起着。
绘出1 用作规范Corey-Pauling-Koltun著色贸易协定描绘的20种氨基盐酸结构设计：黑色：立体化合物；粉红色：氧；蓝色：甲烷；粉红色：硫；细线：共价键；粗线：正阳离子；氢被省去。
氨基盐酸结构设计上的首次注意到
在20世纪，海洋生物学界对列于征氨基盐酸的构成特别有兴趣。海洋生物学家们主要用作盐酸水解等物理法则，来未有确定单个的物理构成以及氨基盐酸中所的丰度。在预期的立体化合物、甲烷和氧中所，一些氨基盐酸掺入异经常多方面的磷。通过艰辛的比对物理，Levene和Alsberg再一注意到氨基盐酸卵黄亚基/卵黄盐酸中所的天冬氨盐酸上存有腺苷（绘出2）。
鉴于20种独创中所的一些唯未有完全列于征，后期注意到的腺苷相比之下值得同样。氨基和胺基分别在1922年和1935年才被完全列于征。在此之后，腺苷天冬氨盐酸被视作一种另行的，而不是一种结构设计上。因为起初的比对未未有确定磷烷基的所在位置，是存有于天冬氨盐酸的外侧双链还是其他所在位置。1932年，巴克利Levene的实验室比对员弗中的茨·利普曼(Fritz Lipmann)的比对断定，磷盐酸正阳离子与天冬氨盐酸相连。Lipmann首先得出结论取值结构设计上的特异特质，为未有来拓展目前为止PTMs区域内的比对过渡到了巷道。
在随后的20年中的，另行PTMs的注意到却是未有的发展（绘出2）：1951年未有确定的羟酪氨盐酸的结构设计和构成，是30同一等待时间调查结果的一种药品中所“不得而知DNA”明胶。另行型PTMs的注意到和列于征的发展缓慢且电子技术指标大。因为PTMs往往在物理基准上并不多却说，元素与氨基盐酸相近且不有利于，所以元素比对和波段学(NMR)波段不适合比对大多至少PTMs。起初，不可逆PTM的概念还未有得到很好的转型，所以一直存有一种却说解，将磷盐酸天冬氨盐酸当作一种契合的，而不是独创天冬氨盐酸的不可逆结构设计上。
直到20世纪50世纪末中所期，氨基盐酸PTM才带入海洋生物学文献中所的一个契合概念。1956年消失一个突飞猛进：Dixon等人注意到阴阳离子烷基天冬氨盐酸结构设计上是不可逆的。不久，比对职员仔细观察到天冬氨盐酸腺苷也具备类似的不可逆特质。这些注意到为“高能键”的初衷备有了赞同，即一种可以在分崩离析时释放电磁场的初衷，所写从前知道这是一种嫩枝概念，可以推论细胞或许会另行陈糖类的许多特别，具备奠基意涵。
1970世纪末消失了PTM注意到的爆炸式增高约，到1980年，整体目前为止的PTM中所约有40%已被注意到（绘出2）。起初，结构设计上被视作一种减低生命所需物理多样特质的伎俩，而不是氨基盐酸平衡的极其重要前提。尽管如此，在PTM注意到的在此之后几十年中所，注意到许多PTM不久被看来是氨基盐酸机能平衡的也就是说构成其余部分。
绘出2 氨基盐酸结构设计上的等待时间核苷酸注意到每年目前为止的氨基盐酸结构设计上的累积使用量
有关量立体化法则和预定义，劝参却说
结构设计上的提出、描绘出及转型
海洋生物学界在此期间争论PTMs是对经整体上的结构设计上，还是构成另行的或许的非必需。直到1977年，消失一篇关于氨基盐酸PTMs另行兴至少据电子技术纽约时报，该开创特质纽约时报用作“只有20种基因序列解码，却被深入研究出140多种”的非常高约语。该篇对的物理多样特质同步进行综合整理的后期试图，通过查阅文献、咨询同事以及字面上的计至少，量立体化了140种相异的结构设计上四组合。酪氨盐酸具备多达的取值结构设计上，而胺基盐酸、异胺基盐酸和色氨盐酸以外未有结构设计上。一些结构设计上被合理立体化为有“极其明显的推论”，以外丙酮盐酸被阴阳离子结构设计上到相近性肽活特质基因序列座的氨基盐酸衍海洋生物。其他例如N-α-羧立体化或许多性状和卤立体化结构设计上，在起初并未有目前为止的机能。尽管该附录以外许多如今不被视作PTMs的颗粒（例如tRNA），但它代列于人了将PTMs精未有确十分一定为一个十分一定的首批试图之一。
在1970世纪末后期，PTMs的概念拓展到了比如今明白的区域内非常广的氨基盐酸结构设计上。例如，接收机分子结构设计的N下端去除被看来与氨基盐酸腺苷一样的PTM波动。直到1981年，肽键的演立体化成才被视作一大类似PTM的催立体化处理过程，或许由细胞或许会中所的未有知颗粒催立体化。然而，被看来参与氨基盐酸催立体化前提的瞬时糖醇结构设计上不被看来是PTMs。该至少据电子技术即将注意到并分类以努力彻底解决这些另行简化的十分一定。
核磁共振氨基盐酸四组学与结构设计上
尽管整体目前为止的PTMs中所却是有一半在1980同一等待时间已被注意到（绘出2），但氨基盐酸核磁共振(MS)的消失推进了该至少据电子技术的非常高约时间内的发展。以前，MS主要用做有机物理，多肽深入研究和终产物检测，以及天然立体化合物深入研究。但随着对氨基盐酸物理明白的技术革新，氨基盐酸的比对和结构设计上为MS的注意到尽早了准备。和光喷雾和光离(ESI)的转型彻底转变了MS氨基盐酸四组学至少据电子技术。该电子技术由Malcom Dole于1968年首推，可“软弱地”和光离大分子以供MS比对。2002年诺贝尔物理奖获得者John Fenn和Koichi Tanaka对ESI-MS的大幅度联合开发使PTM可以被灵敏检测，代列于人了MS电子技术在氨基盐酸微海洋生物学中所的首次应当用之一。
然而，这种在PTM比对中所的非常高约时间内占领也就是说占有优势的另行电子技术在此之后并并不需要显着提升另行PTM的注意到率。这是因为大多至少基于MS的PTM辨别贸易协定无需在探针比对之前对PTM同步进行可溶性，而这反过来又无需了解即将可溶性的结构设计上。此外，处理方式MS统计学至少据无需选择与有兴趣的特定PTM极其应当的远距离精确度。这两项电子技术决定，阻碍了对未有列于征PTM的非常高约时间内检测。实际上，MS转立体化成的大其余部分接收机仍未有同态到目前为止的分子结构设计或分子结构设计-PTM复合物，近年来已将其上标为“天将氨基盐酸四组”。
但到1990世纪末，ESI-MS已深入研究出许多另行的PTM（绘出2）。清晰度特别的电子技术技术革新使基于MS的比对并电磁场立体化极其PTM素质和也就是说物理基准。随着目前为止PTM的附录稳步减低，这一另行注意到的决议也阐明了许多PTM在平衡氨基盐酸活特质中所的起着。
氨基盐酸结构设计上的机能比对的发展
氨基盐酸结构设计上以各种可以想象的方式不良影响氨基盐酸：激活、抑制、易位、过氧化物等。因此，阐释PTM的微海洋生物学起着的处理过程比辨别深入研究它们非常困难。对PTMs的后期比对只允许对所描绘出的结构设计上同步进行或许的微海洋生物学意涵推测，并且在许多情况下究竟未有试图分配机能。到1970世纪末，并不多有PTM具备任何一致据信的微海洋生物学起着。但氨基盐酸腺苷和羧立体化是显着的例外，它们具备极其重要的机能，并为海洋生物明白健康和得病因备有了极其重要线索。
最早未有确定腺苷和羧立体化细胞或许会机能的比对发列于于20世纪中所叶的十年大概。这两种结构设计上的比对无需一个有利于可靠的比对管理系统、一种可靠的PTM比对法则及可测量的结果。Sutherland、Fischer和Krebs在此之后注意到了腺苷在磷盐酸肽a和b相互转立体化中所的起着， Allfrey、Faulkner和Mirsky比对酪氨盐酸/生物多肽羧立体化。Sutherland和Wosilait从肝的四组织样本中所可溶性腺苷肽并测量放射特质磷盐酸食盐，列于明看来腺苷肽可以“获得”放射特质磷盐酸食盐，从而焦虑肽活特质，并且是不可逆的。他们仔细观察到腺苷倍受到肽的焦虑，并倍受到来自肝脏的不得而知“失活肽”的抑制。为了比对后期核盐酸结构设计上，Allfrey等人对马刺生殖细胞细胞或许会核同步进行了比对，比对了总核盐酸14C-乙盐酸食盐和14C-氨基的吸取，也可以用作羧甲基纤维素和光泳法都能所分离出含硫酪氨盐酸/生物多肽的核盐酸。他们断定，这些含硫生物多肽/酪氨盐酸的核盐酸可以在不依赖性氨基盐酸多肽的情况下非常高约时间内羧立体化，并且羧立体化核盐酸以剂量依赖性特质方式抑制RNA多肽。此时，该至少据电子技术开始瞥却说PTM在肽胆和非肽胆亚基活特质、糖类平衡、核糖物理现象以及它们如何整合生理重排学中所必不可少的四肢内分泌接收机中所的十分复杂和极其重要起着。
随着MS带入辨别和整合氨基盐酸结构设计上的主力，氨基盐酸四组区域内内腺苷和酪氨盐酸羧立体化的基因序列座现在被确认。未有确定这两个极其重要PTM的零碎绘出谱是未有确定氨基盐酸四组中所氨基盐酸结构设计上的机能恶果的极其重要先决条件。基因序列四组工程施工的技术革新、氨基盐酸结构设计上肽的注意到和列于征以及十分复杂的量立体化法则已带入未有确定PTM机能的主流整体功能，并为非常多地了解PTM在海洋生物健康和得病因中所的起着过渡到了巷道。
近期PTM转型非常高约时间内，整展现出在注意到海洋生物氨基盐酸四组包涵大约119,000个腺苷基因序列座。对tau亚基的比对是关于腺苷如何转变氨基盐酸机能和不良影响健康的一个典型范例。这些得病因统统称tauopathies得病因，其中所比对多达的是阿尔茨海默得病，PTM极其大所于这种与脑部元和脑部胶质细胞或许会骨架相关的内在紊乱的微管结合亚基。tau在细胞或许会内的吸取，早在20世纪就现在描绘出过，是一种共同的得解剖特点。这些聚集体中所所含tau和其他氨基盐酸的后期标志特质特点之一是相对腺苷，这先于脑部原纤维缠结演立体化成和认知能力急剧下降。此外，tau的结构设计上与26S亚基肽体氨基酸和脑部原纤维缠结中所的翻译后结构设计上肽一起吸取，因此断定细胞或许会未过氧化物tau是某些脑部退行特质得病因中所时有发生的脑部毒特质的极其重要。阿尔茨海默得病小鼠模型是通过对淀粉样前体亚基同步进行基因序列结构设计上而联合开发的，已被用做深入比对体内内源特质和得病因相关的tau结构设计上，这种结构设计上可以造成了致得病特质淀粉样亚基Aβ1-42的吸取。这造成了目前为止的tau结构设计上扩大了三分之一。辨别这些结构设计上非常容易管理系统比对特定PTM如何不良影响tau机能、过氧化物和聚集，并为针对tau激肽抑制的立体化疗过渡到了巷道。此外，由于tau可以用无至少PTM结构设计上35%以上的残基，这些结构设计上以外小的物理正阳离子（腺苷、羧立体化、性状）、氨基盐酸（IL-立体化、SUMOylation）和立体化合物水立体化合物（O-GlcNAcylation、N -糖基立体化、糖基立体化），比对tau结构设计上的多样特质阐释了PTM对氨基盐酸不良影响的整体十分复杂特质，例如多重结构设计上的协同和拮抗波动。
核盐酸是可结构设计上的，并且可以转变核糖物理现象，这一注意到胆进了肝癌微海洋生物学至少据电子技术的技术革新。为广泛的基因序列列于达性状结构设计上却是可以平衡肝癌的所有特点。美国食品和用药管理局(FDA)现在批准后针对负责核盐酸酪氨盐酸脱羧立体化的立体化疗用药。对核盐酸结构设计上机能不良影响的比对，为洞察其细胞或许会起着前提备有了根基。例如，细胞或许会周期抑制肽p21的列于达无需核盐酸H3和H4的过度羧立体化，并且这种氨基盐酸结构设计上在具备多方面HDAC列于达的肿瘤或许会中所被逆转。用HDAC抑药品辛二乙酰异羟肟盐酸（SAHA；伏立诺他）治疗不可逆转H3/4酪氨盐酸羧立体化的丧失，减少Myc原体占据并减低p21列于达，从而减少肿瘤或许会增殖。自2006年以来，伏立诺他（以及其他HDAC抑药品）已被FDA批准后为皮肤T细胞或许会淋巴瘤的防癌剂，非常多HDAC抑药品即将针对各种肝癌特点的立体化疗中所同步进行风险评估。
除了HDAC活特质外，氨基酪氨盐酸参量也倍受酪氨盐酸氨基重新分配肽(KAT)的平衡，整体即将尽力比对这些肽抑药品的防癌起着。酪氨盐酸羧立体化和酪氨盐酸去羧立体化都可以作为肝癌治疗的远距离，这说明PTM在细胞或许会中所的机能是十分复杂的。事实上，基于氨基盐酸四组MS比对断定，酪氨盐酸羧立体化与为广泛的细胞或许会处理过程有关，以外DNA损伤修复、细胞或许会重复、核盐酸机能和肝细胞细胞或许会骨架解构等。
因为PTM对细胞或许会行径转立体化成多种不良影响，因此氨基盐酸结构设计上可以胆进海洋生物得病因的转型和的发展也就不足为奇了。得病因相关PTM或氨基盐酸结构设计上肽的比对为另行疗法做出了贡献，并备有了对PTM的整体微海洋生物学哲学思想；然而，所写对PTM在海洋生物得病因中所的起着的明白是不零碎的。
PTM比对绘出景
自1977年试图手绘PTM蓝绘出以来的40多年等待时间中的，氨基盐酸结构设计上或许爆炸式比对减低了所写对PTM的着重和十分复杂特质的认识（绘出2）。因此，所写曾计划非常另行所写的明白，并有管理系统量立体化取值氨基盐酸结构设计上的使用量和特质质。所写用作统计学至少据海洋生物学的另行整体功能查询了UniProt库，该统计学在线包涵大约6000万个氨基盐酸核苷酸和相关释义，其中所以外翻译后氨基盐酸结构设计上的“倍受控名称列于”。通过量立体化所有氨基盐酸结构设计上，所写从前量立体化了500多个取值结构设计上（绘出3A）。尽管此比对中所代列于人了所有20种，但天冬氨盐酸、糖醇和酪氨盐酸在释义结构设计上中所包涵的多样特质远大约。值得同样的是，这个不断增高约的氨基盐酸结构设计上列列于的区域内从精确度的大幅发生变立体化（近900Da）到精确度的负发生变立体化，与物理财产损失相符（绘出3B）。下面，所写重点介绍一些最类似和最不类似的结构设计上。
绘出3 氨基盐酸结构设计上的现状
A，在所有20种氨基盐酸中所现在描绘出了大约500种氨基盐酸结构设计上；粉红色代列于人最频繁结构设计上的“极其重要”；比对中所不包涵氨基盐酸水溶性。统计学至少据取自统计学在线。量立体化法则和预定义却说 。B，相应当到氨基盐酸上的大量结构设计上的属。线代列于人精确度的频带，缩放进1；rug-plot哈希代列于人个体精确度。比对中所不包涵氨基盐酸水溶性。量立体化法则和预定义同上。
天冬氨盐酸
尽管最经常比对天冬氨盐酸腺苷结构设计上，但天冬氨盐酸也存有大量其他结构设计上。所写比对并统计学了70个取值结构设计上（绘出3A），其中所注意到了13个天冬氨盐酸结构设计上掺入磷盐酸食盐：1个是实际上的磷盐酸食盐，12个是同时掺入立体化合物和磷盐酸食盐的结构设计上。此外，在天冬氨盐酸上存有一系列十分复杂的立体化合物水立体化合物结构设计上。例如，天冬氨盐酸掺入Ａ-连接的、糖醇、氨基和其他十分复杂的谱系立体化合物水立体化合物。事实上，鉴于这些物理其余部分的物理多样特质和衍生它们的为广泛特异性区域内，往往不或许会调查结果这些物理其余部分的精确度。因此，该比对或许低估了基于天冬氨盐酸的氨基盐酸结构设计上的真实使用量。鉴于物理特质质相近，胺基和色氨盐酸与天冬氨盐酸相差不远，分别占据目前为止结构设计上总至少的名列第一列列于中所的第4位和第6位，在已辨别的结构设计上中所有极其大的交错（绘出3A）。
糖醇
糖醇的贵和光子产品羧盐酸食盐是在中所注意到的最强劲的近臣和正阳离子，使其并能同步进行多种物理结构设计上。比对多达的糖醇结构设计上以外S-亚硝基立体化、S-谷胱甘分子结构设计立体化、S-棕榈乙酰立体化和S-法尼基立体化。所写量立体化出糖醇有57种相异的结构设计上（绘出3A），区域内从氧立体化氢化财产损失和减低到高约的疏水特质脂质结构设计上。700多种重排特质糖醇已被用作物理微海洋生物学策略和近臣和光子产品探针整合到具备目前为止用药各种心理因素的氨基盐酸上，以及“不可成药”的氨基盐酸上，以外转录变异、接头/支架亚基和未有列于征的氨基盐酸。这些注意到赞同糖醇可以很容易地带入针对内源特质海洋生物结构设计上靶标，以外该基因序列座及邻近基因序列座的结构设计上。
酪氨盐酸
三个最严重结构设计上的中所的最后一个是酪氨盐酸：据信了47个契合的物理其余部分（绘出3A）。酪氨盐酸羧立体化是比对多达的PTM之一，核盐酸酪氨盐酸的羧立体化是氨基盐酸结构设计上的典型范例，具备未有确定的机能不良影响。核盐酸酪氨盐酸的羧立体化被为广泛看来是控制核糖离开以平衡基因序列列于达的主要前提。在MS的赞同下，具备中的程碑意涵的比对断定为广泛的氨基盐酸酪氨盐酸羧立体化，以外线粒体氨基盐酸。在这些注意到之后，基于MS的比对在此期间阐释至少百种氨基盐酸被羧立体化。作为酪氨盐酸结构设计上的另一个范例，核盐酸性状最早在1960世纪末后期被仔细观察到。随后的管理工作断定，酪氨盐酸（以外单、二和三甲基酪氨盐酸）上的核盐酸和氨基盐酸性状是海洋生物健康和得病因中所的高效率核盐酸上标。
其他
所写整体对氨基盐酸结构设计上的比对与非常早摘要的一个显着区别是物理其余部分的广度和最深处。所有20种氨基盐酸都用释义结构设计上列于示。一些结构设计上非经常相像。在比对中所结构设计上最少的氨基据信的五种结构设计上中所，只有一种被统称3-苯基氨基的结构设计上与N下端相关联。这种奇异的结构设计上在已发列于的统计学在线中所并不多却说，并且未有目前为止的微海洋生物学机能。这展现出了在明白氨基盐酸结构设计上与机能彼此间关系特别的持续挑战。尽管MS在测量氨基盐酸四组中所的氨基盐酸结构设计上特别越发非常加十分复杂和敏感，但所写对这些结构设计上的机能恶果的明白往往无需一次一个的询问法则。
PTM最另行的发展
大多至少另行的PTM比对始于得出：注意到外侧双链的相近物理特点赞同了另行的氨基盐酸结构设计上的初衷；其他人描绘出了具备PTM重新分配肽活特质的另行肽；一些比对描绘出了特异性的物理重排特质，这或许会造成了氨基盐酸的虚假结构设计上。例如，近15同一等待时间注意到的一类另行的糖醇结构设计上，在此之后统称S-(2-翡翠乙酰)糖醇(2SC)，但从前非常经常统称氨基盐酸翡翠立体化。这种结构设计上通过糖醇羧盐酸正阳离子和三羧盐酸重复特异性贵马盐酸食盐彼此间的迈克尔加成重排时有发生。糖醇和免疫平衡特异性衣康盐酸食盐彼此间或许会时有发生类似的重排，衣康盐酸食盐与贵马盐酸食盐一样，是一种具备α,β-不饱和正阳离子的羧盐酸。
另一个范例是与直双链烷基丙酮盐酸A相比，特定的羧基烷基丙酮盐酸A有界具备非常高的重排特质。具备四个或五个饱和立体化合物主双链的带负和光荷的二羧盐酸烷基丙酮盐酸A经历分子内催立体化（即自水解），演立体化成盐酸酐和基质丙酮盐酸A。这类特异性以外翡翠乙酰-CoA、戊二乙酰-CoA和具备相近结构设计的CoA，例如HMG-CoA涡轮亚基HMG乙酰立体化。
除了重排特质烷基丙酮盐酸A大类正因如此，重排特质烷基磷盐酸也结构设计上氨基盐酸。1,3-双磷盐氧化物酸(1,3-BPG)是一种在糖酵解种管理系统中所转立体化成的重排特质烷基磷盐酸特异性，可与该种管理系统中所的几种氨基盐酸时有发生非肽胆重排并造成了3-磷盐酸基-酪氨盐酸(pgK)结构设计上（Moellering和克拉巴德，2013年）。不太可能的另一项比对将氨乙酰tRNA多肽肽上的活立体化描绘出为可以游离氨基盐酸结构设计上的重排特质氨乙酰腺苷盐酸（He等，2017）。值得同样的是，这项比对注意到所有20种亚基氨乙酰tRNA都存有为广泛的酪氨盐酸结构设计上。所写列于明，活立体化的烷基磷盐酸酯键或许允许假氨基盐酸氨乙酰立体化。
这种得出法则引导了几个另行PTM的注意到和有效性。实际而言，风险评估物理相近特质具备持续注意到的巨大潜力。不太可能的比对断定，烷基重新分配肽的杂乱特质可以催立体化将几个烷基正阳离子去除到氨基盐酸上。因此，所写用作烷基丙酮盐酸A在物理上与目前为止的肽胆和/或非肽胆衍生的氨基盐酸结构设计上相近的整体原理，从海洋生物糖类四组统计学在线中所量立体化了目前为止的烷基丙酮盐酸A特异性。所写的比对量立体化了361种烷基丙酮盐酸A，拓展到了234个契合的分子量（绘出4），区别是由于立体异构体具备相同的物理结构设计但其原子的生活空间排列相异。这些烷基丙酮盐酸A大类具备相异的物理特特质，往往根据这些特特质分别为相异的十分一定（绘出4）。通过将海洋生物糖类四组统计学在线中所注意到的所有烷基丙酮盐酸A大类的精确度与目前为止酪氨盐酸结构设计上的精确度同步进行极其，所写注意到仅仅10%的交错（361个中所的27个；绘出5A），断定来自烷基-CoA大类可以在氨基盐酸上找到。
绘出4 目前为止的烷基丙酮盐酸A大类
海洋生物所有目前为止烷基丙酮盐酸A特异性的双链高约和物理特质质。统计学至少据源于。量立体化法则和预定义却说。
绘出5 得出的氨基盐酸结构设计上
A，将来自海洋生物糖类四组统计学在线的烷基丙酮盐酸A与目前为止精确度取值的酪氨盐酸结构设计上同步进行极其。B，查询海洋生物糖类四组统计学在线中所目前为止的活特质烷基磷盐酸酯、硫酯或醛，并手绘相应当到氨基盐酸的或许立体化合物至少。统计学至少据源于。量立体化法则和预定义却说。
将这些比对拓展到烷基丙酮盐酸A大类正因如此，上述海洋生物糖类四组统计学在线的调查结果阐释了600多种具备高重排特质的特异性，在此统称活特质立体化合物大类（RACS；绘出5B）。尽管并非所有这些都与氨基盐酸结构设计上有关，但针对这些RACS的比对或许会注意到它们附着在氨基盐酸上。事实上，这种得出策略过去曾用做将酪氨盐酸戊二乙酰立体化深入研究为或许的氨基盐酸结构设计上。
尽管无需一次一次简化的法则来有效性PTM得出，但不太可能的一项比对注意到这种普遍特质的一个例外，其目地是用作多尺度管理工作流程来列于征原核海洋生物中所的氨基盐酸结构设计上，该比对首先未有确定了病原糖类互联网中所的平衡节点，然后天将示了可以通过氨基盐酸结构设计上同步进行平衡的候选物。为了列于征结构设计上基因序列座对细胞或许会的不良影响，他们用作多重整体功能立体化基因序列四组工程施工(MAGE)来性状取值的，以模拟构成特质结构设计上或未有结构设计上的。这种法则无需同样的是模拟结构设计上的性状并不需要正因如此地再现真实的结构设计上。然而，他们在汇总筛选中所出乎意料风险评估了细胞或许会适应当特质的整体发生变立体化，并对三种原则上重新考虑的候选病原氨基盐酸同步进行了早先比对。本比对中所的电子技术转型或许非常容易彻底解决比对20种的500种取值结构设计上所固有的十分复杂特质。
PTM的未有来
尽管它们很十分复杂，但氨基盐酸PTM在细胞或许会行径和海洋生物得病因中所发挥作用的极其重要起着，使他们即将同步进行的比对带入海洋生命科学海洋生物学的原则上法律条文。从1980世纪末开始，MS-氨基盐酸四组学比对的应当用至少据电子技术引起了PTM至少据电子技术的极大兴趣和了解。尽管MS对PTM比对的贡献并不需要被贬低，但PTM的高效率和不有利于特质质在此期间给海洋生物学家转立体化成契合的挑战。分子结构设计绘出启发式的另行的发展即将彻底解决进行PTM至少据电子技术的繁重特殊任务。这些努力为所写对PTM微海洋生物学的明白再次愈演愈烈奠定了根基。
基于MS的氨基盐酸四组学比对的革另行，以外PTM的注意到，与量立体化整体功能的用作密切相关。在基于MS的氨基盐酸四组学开始仅仅十年后，Sequest被联合开发用做根据详见氨基盐酸统计学在线整体功能辨别氨基盐酸。Sequest和不久的Mascot中所的整体功能配对分子结构设计分配启发式，实现了基于MS的氨基盐酸四组学的非常高约时间内拓展，并为PTM的深入研究备有了一个有吸引力的种管理系统。通过将（仔细观察到的-预期的）精确度重新分配改组到简化后的详见氨基盐酸四组中所，可以简化这些启发式以检测简单的目前为止PTM。尽管如此，很大一其余部分分子结构设计段核磁共振一直可疑地未有分配。为了比对氨基盐酸四组的这种“天将颗粒”，查询启发式被设置为允许前体阳离子有非常为广泛的耐倍受特质，被看来包涵结构设计上的分子结构设计，同时一直保证相对特异特质的碎块阳离子精确度设置。这种法则在2015年实现了注意到PTM绘出谱的潜力，起初Sequest查询生活空间被拓展以询问±500Da的“开放日”前体阳离子谱，这允许查询精确度结构设计上对应当于90%以上的目前为止分子结构设计段PTM（绘出3B）。在氨基盐酸四组的这个未有探究区域内，注意到了与此前未有注意到的结构设计上分子结构设计极其应当的额外184,000个峰。这些结构设计上以外物理（永久性后）和海洋生物发生变立体化，以外相像但极其重要的海洋生物结构设计上，例如磷盐酸乙醇胺(GPE)结构设计上的延伸变异1a2。实际上，整体量立体化整体功能在天将氨基盐酸四组中所的另行应当用转变了PTM同态的整体法则。
虽然开放日查询彻底转变了PTM的注意到和联接MS统计学至少据的同态，但仍有一些妨碍阻碍了该至少据电子技术或许破译PTM的格局。最值得同样的是“查询生活空间”问题，这是将目前为止PTM同态到十分复杂氨基盐酸溶剂中所的分子结构设计的远大约妨碍。虽然过去极其简单的结构设计上，例如天冬氨盐酸残基的腺苷，可以通过去除或不去除磷烷基的掺入天冬氨盐酸的同步进行比对，但同时同态多个PTM或许会造成了查询所有精确度重新分配四组合的结构设计上分子结构设计生活空间圆形指至少增高约。这是一个主要妨碍，因为它降低了查询清晰度，提升了辨别结构设计上分子结构设计的误判注意到率(FDR)，并大为延高约了比对取值统计学至少据集所需的等待时间。
第二个主要妨碍是注意到过去未有释义的简化。PTM同态启发式根据详见统计学在线（往往是UniMod）分配结构设计上，该统计学在线用作上述“倍受控词汇列于”对要针对每个已辨别分子结构设计查询的取值结构设计上精确度同步进行编辑。因此，大多至少启发式不或许会整体功能检测过去未有释义的结构设计上，例如一些不太可能注意到的烷基结构设计上。相反，这些无需用精确精确度手动释义和查询。此外，对单个分子结构设计的两种或多种相异特点的结构设计上或许未辨别合适的未有结构设计上分子结构设计或误判地取值较小的单个结构设计上。
整体即将联合开发的量立体化整体功能并能彻底解决上述管制，同时一直远大约立体化开放日查询生活空间。例如不太可能发列于的统称TagGraph的法则。为了克服上述一时期启发式的妨碍，联合开发了具备许多契合特点的TagGraph，将目前为止的PTM绘出谱拓展到海洋生物氨基盐酸四组中所近40,000种氨基盐酸结构设计上。首先，它用作de novo开始和基于字符串的分子结构设计取值相结合的法则，de novo查询与未有结构设计上氨基盐酸核苷酸完全取值的非常高约分子结构设计核苷酸（“通配符”），然后查询剩余的分子结构设计以检查索引上或靠近的潜在结构设计上有界。这种法则减少了启发式在此之后重新考虑的“分子结构设计池”，从而使TagGraph并能在尺度上对30个人体内的四组织中所的2500万个氨基盐酸核磁共振同步进行最深处询问，这比一时期查询启发式的能力要快得多。它在海洋生物氨基盐酸四组中所描绘出的40,000个PTM结构设计上了大约100万个唯一辨别的分子结构设计，分子结构设计总至少减低了3倍，而从同一海洋生物氨基盐酸四组统计学至少据极其大所辨别的结构设计上分子结构设计减低了10倍。
为了减轻de novo查询平台中所典型的清晰度财产损失，TagGraph重新重新考虑了统计学比对的远距离诱饵FDR模型，而是应当用一种统称随机性分层期望远大约比对的经过有效性的ML法则，该法则用作相关分子结构设计的14个特点来未有确定。正因为如此，TagGraph的de novo法则并能处理方式非常为广泛的查询生活空间，这样做并能注意到过去未有辨别的分子结构设计结构设计上，并大为拓展分配给相对结构设计上氨基盐酸的结构设计上使用量。例如，与之前的比对相比，五种主要核盐酸的分子结构设计结构设计上减低了2倍，脯氨乙酰苯基立体化减低了10倍。通过在此期间克服比对大量分子结构设计核磁共振所面临的量立体化妨碍，TagGraph和其他类似整体功能为所写对PTM至少据电子技术的了解向后迈进了一大步。
PTM比对的未有来将不仅重新考虑TagGraph等这些程序赞同氨基盐酸四组学，而且还重新考虑MS仪器的哪些特别非常容易实现这种出乎意料。例如，在查询低高分辨率核磁共振时，TagGraph的统计学比对特质能非常高约时间内急剧下降。这种管制凸显了仪器的补充革另行对于大幅度的技术革新也是必要的。事实上，和光泳分离的革另行和高特质能核磁共振仪的联合开发备有了TagGraph准确特质所必需的高高分辨率波段，比如说电子技术与注意到彼此间的极其重要直接联系。
PTM弊下端
在过去的50年中所，PTM氨基盐酸四组学至少据电子技术以更糟的速率转型。联接、高高分辨率MS从前很类似，可备有贝特和光泳分离后未有消立体化的氨基盐酸溶剂的波段。TagGraph和其他分子结构设计辨别启发式从前可以可靠地释义类似于多个PTM的分子结构设计而无需探针可溶性，并且并能从十分复杂的氨基盐酸溶剂中所量立体化PTM物理基准。因此，PTM至少据电子技术现在尽早凯旋下一次一时期科技，它主轴着两个主要问题：PTM绘出谱前提已被完全原声音乐？此外毫无疑问非常极其重要的是如何在如此广袤的环境中所未有确定单个PTM的机能？
PTM绘出谱描绘出到什么相对？所写指出当在HEK293细胞或许会中所用作开放日式Sequest查询注意到185,000种结构设计上分子结构设计时，事后对结构设计上谱中所特定PTM的确保安全查询返回了却是两倍的投弹所至少。这断定对天将氨基盐酸四组的相对敏感查询或许会转立体化成至少两倍多的结构设计上分子结构设计，同时用作TagGraph再比对该波段和其他波段可以备有另行至少据。然而，即使一时期启发式并能在整个波段中所辨别却是所有的结构设计上分子结构设计，所写仍远未有未有确定每个结构设计上的身份或微海洋生物学意涵。例如，在海洋生物氨基盐酸四组中所，TagGraph未有确定了1700多个实际上的精确度重新分配（投弹所十分一定为具备≥20个波段计至少），大小区域内从-148到+999.4Da，这些都不是目前为止的简化造成的。尽管这仅占已深入研究的总简化谱的一小其余部分（5.5%），但它比如说完全了解简化后的海洋生物氨基盐酸四组的物理成分或许有多么困难。
在如此广袤的绘出谱中所，海洋生物学家将如何未有确定单个PTM的极其重要机能？尽管PTM至少据电子技术或许忘记不或许会一致零碎，但该至少据电子技术已尽早在所写对PTM机能的明白特别迈出极其重要的一步。正如前面其余部分所辩论的，PTM却是不良影响细胞或许会机能的各个特别，从肽活特质的非常高约期简化到基因序列列于达基因序列四组的可性状发生变立体化。尽管可以在管理工作台上以多种方式正确地比对有兴趣的PTM，但统计学至少据海洋生物学法则对于试图提名有兴趣的PTM或开始了解另行描绘出的PTM的特定微海洋生物学机能越发愈发极其重要。在对海洋生物氨基盐酸四组的比对中所，未有确定了的四组织特异特质结构设计上，以外胎儿的四组织中所的核盐酸H4 R56二性状。这一注意到断定H4 R56在联合开发中所具备契合的机能。在另一个范例中所，同一比对基于GO十分一定中所包涵的氨基盐酸的结构设计上，将PTM丰度与基因序列形而上(GO)海洋生物处理过程和细胞或许会区簇众所周知。这种法则证实了翻译后生物多肽性状在限于RNA剪接的氨基盐酸上可溶性，并且酪氨盐酸结构设计上在性染色体的四组织的GO十分一定中所包涵的氨基盐酸上很丰贵。
统计学至少据海洋生物学和机器学习在PTM比对中所的应当用愈发为广泛，以外从初级氨基盐酸核苷酸和非常十分复杂的氨基盐酸特点得出机能特质PTM。例如，初级核苷酸PTM统计学至少据与统称SAPH-ireNN的ML脑部互联网中所的三维(3D)氨基盐酸结构设计至少据相结合，以得出机能特质氨基盐酸PTM的聚类和相互起着。由于PTM发挥作用了如此为广泛的不良影响，ML启发式也可用做注意到氨基盐酸四组学、糖类四组学、基因序列列于达基因序列四组学和转录四组学统计学至少据极其大所的模式，这些统计学至少据集是在操纵者候选PTM后过氧化物的。这种法则已被用做用作的大学统计学至少据破译某些分子结构设计抑药品的起着模式。基于ML的统计学至少据集成法则可以备有有关即将比对的PTM的机能不良影响的有用的至少据，并可以显眼特定简化沿河的模块。例如，将特异性统计学至少据作为ML训练集或许可以大幅度注意到特异性衍生的PTM，例如烷基丙酮盐酸A物种，这是一种愈发被认可的PTM来源，可平衡为广泛的糖类和转录处理过程。
上面辩论的心理因素都极其大所在革另行所写对单个等待时间点的PTM绘出谱的比对，并在许多单元中所平以外。再一，无需对氨基盐酸PTM同步进行高效率的真实世界比对，以充份了解它们在生理重排学和得病因特别的十分复杂起着。在细胞或许会彼此间或细胞或许会内解析可以决定尺度上细胞或许会行径的PTM只不过是不可想象的未有来。然而，不太可能的比对通过利用每个子学科转立体化成的表征占有优势取得了难以置信的技术革新。实际而言，当前的MS全像模式并能解构的四组织内的生活空间特异性属，单细胞或许会氨基盐酸四组学不太可能已带入现实，并且随着等待时间的不高约，糖醇氧立体化的等待时间高分辨率现在在基质和体内实现。或许这个未有来十分很远。
结论
在此之后磷盐酸天冬氨盐酸是在对氨基盐酸卵黄亚基物理成分的探究中所注意到的，同时消失了未有实现的氨基盐酸结构设计上世界。所写对初级结构设计上的绘出谱明白现在转型到如今目前为止的500多种结构设计上（绘出2）。尽管在另行的氨基盐酸结构设计上绘出谱特别取得了的发展，但PTMs的广度和最深处还无需很高约等待时间才能完善。所写对每种结构设计上的机能恶果的明白极其有限，对简化前提非常容易生理重排种管理系统反馈、前提为得解剖生理重排或两者兼有的明白也极其有限。MS的电子技术技术革新造成了另行PTM的非常高约时间内注意到。统计学至少据海洋生物学和机器学习的最另行的发展意味着所写即将为PTM注意到的第二个拐点过渡到巷道（绘出2）。从前，对氨基盐酸结构设计上的查询现在从物理转向量立体化，从蛋黄氨基盐酸的构成转向量立体化机生活空间中所分子结构设计精确度的构成。对这一另行兴微海洋生物学至少据电子技术的持续比对或许或许会回答这个古老的问题：“它是PTM吗”？
非常早出处：
Keenan EK, Zachman DK, Hirschey MD.Discovering the landscape of protein modifications.Mol Cell. 2021 May 6;81(9):1868-1878
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